Qu'est-ce que SnB ?

SnB ^[7] est un programme de détermination de structures cristallines qui met en oeuvre l'algorithme de phasage par méthode directe dit " Shake-and-Bake ". Celui-ci, basé sur le " principe minimum " énoncé par H.Hauptman ^[2], consiste à alternativement affiner les phases des facteurs de structure dans l'espace réciproque (" Shake ") et modifier la densité électronique dans l'espace directe (" Bake "), en vue d'atteindre le minimum global de la fonction minimum R(f).

Domaine d'utilisation

SnB a prouvé qu'il était efficace pour résoudre les " grosses moyennes " structures : de 100 à 1000 atomes (non H) dans l'unité asymétrique. Il comble ainsi le manque qui existait entre les programmes par méthode directe traditionnels, permettant la détermination en routine de structures comprenant jusqu'à 150 atomes environ, et les méthodes utilisées pour la résolution des grosses structures (macromolécules).

Comment se le procurer ?

SnB version 1.5 est disponible gratuitement sur Internet à partir de la page http://www.hwi.buffalo.edu/SnB sous la forme de modules exécutables pour les machines suivantes : Silicon-Graphics sous Irix 4.0 à 6.2, Sun sous SunOS 5.5, Dec sous OSF1 et PC-Pentium sous Linux 2.0.27.

A la date où sont rédigées ces lignes, une version 2.0 ^[18] est aussi disponible en test (Beta release) mais seulement pour SGI R10000. Dans son principe elle ne diffère pas de la version 1.5 que nous avons utilisée et qui est décrite dans ce document. Les principales améliorations sont : une interface utilisateur graphique écrite en langage Java pour remplacer l'interface ligne à ligne d'entrée des données, des performances accrues et un problème corrigé (atomes en positions particulières).

2 - Principe et fonctionnement de SnB :