Une liste complète des structures résolues
par SnB est mise à jour régulièrement sur le serveur
de Buffalo : http://www.hwi.buffalo.edu/SnB/Structures_snb.htm,
dont nous avons extrait les exemples présentés ici.
Structures ne comportant pas d'atome " lourd "
C'est un des domaines où SnB se montre très
utile : plusieures structures n'ayant pu être trouvées par
les méthodes directes traditionnelles l'on été par
SnB.
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Avec B.Bachet nous nous sommes d'abord familiarisés
avec SnB à l'aide d'un peptide de structure déjà connue
(2ème colonne du tableau ci-dessous) ; puis deux structures
difficiles, qui avaient résisté à de nombreuses tentatives
avec divers programmes, ont été résolues.
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| Groupe d'espace |
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| Unité Asymétrique |
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| Nbr. d'atomes non H / u.a. |
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| Nbr. max. de réflexions |
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| Résolution en Å |
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| Nbr. de phases et de triplets |
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| Nbr. de cycles SnB |
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| Nbr. de solutions |
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| Temps de calcul (1000 trials) |
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Les temps de calcul approximatifs sont indiqués pour un Silicon-Graphics Octane (processeur R10000).
Structures comportant des atomes " lourds " (Cl, S, Fe ...)
C'est évidemment le domaine d'application
le plus spectaculaire de SnB : des structures de petites protéines
[10]
dépassant parfois les 1000 atomes ont pu être " craquées
" directement, ce qui semblait impossible auparavant.
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Une autre utilisation de SnB consistant à
déterminer, à partir de données MAD, la sous-structure
formée des atomes lourds introduits dans une protéine sort
du cadre de cette présentation; le lecteur intéressé
se réferrera à l'exemple cité [14]
d'une protéine de 35 kDa contenant 8 Se mesurée à
2 Å de résolution.
| 5 - Conclusions : |
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