SnB est un excellent programme de résolution de " grosses moyennes " structures par méthode directe, qui comble le vide qui existait entre les logiciels dédiés aux petites structures et ceux des macromolécules. Même un utilisateur novice exécutant SnB avec les valeurs par défaut est capable d'obtenir de bons résultats sans une connaissance approfondie des options du programme.

Limites de SnB

En ce qui concerne les structures ne contenant pas d'atome " lourd ", une petite étude ^[15] confirmée par d'autres résultats montre que des données jusqu'à une résolution de 1.15 Å environ doivent être disponibles pour avoir des chances de mener à une solution. Par contre la présence d'atomes " lourds " augmente les chances de succès, et il a été montré sur des structures comportant jusqu'à 290 atomes que des solutions sortent encore à des résolution de 1.4 Å ^[17].

Le nombre de phases à affiner, le nombre de cycles SnB à effectuer et le nombre de modèles à essayer augmentent avec la taille de la structure à résoudre. Ceci implique une rapide croissance non linéaire du temps de calcul pour obtenir une solution (par exemple on peut estimer à environ une semaine le temps CPU nécessaire pour résoudre la structure Tox II sur la machine citée précédemment). Ce facteur peut devenir une limitation pour les grosses structures.

Perspectives

Dans un article intitulé " Looking Ahead " ^[9] H.Hauptman, après avoir introduit une nouvelle fonction minimum généralisée R(f,|E|) dépendant à la fois des phases et des facteurs de structure normalisés, a énoncé un nouveau principe minimum fondamental. Le corollaire 4 à ce nouveau principe affirme que si un ensemble de modules {|E_L|} à basse et moyenne résolution est connu (et suffisant pour déterminer une structure cristalline), la nouvelle fonction R(f,|E_H|) des phases et des modules à haute résolution |E_H| présente un minimum lorsque les phases sont égales à leur vraie valeur, et les modules des facteurs de structure à haute résolution sont égaux à leur vraie valeur.

On peut donc penser qu'il est en principe possible de résoudre directement de grosses structures avec un programme similaire à SnB mais mettant en oeuvre le corollaire 4, sans disposer de données à la résolution atomique.

De plus, d'autres programmes sont en cours de développement ou en passe d'être disponibles : citons SIR99 de l'école Italienne ^[19], et Shelxd de G.Sheldrick qui a déjà permis la résolution d'une protéine de 2024 atomes à 1.2 Å ^[16].

Bref, l'aventure des méthodes directes n'est pas terminée, et elle continue même brillamment !.

6 - Bibliographie.